Program Studi Pendidikan Matematika Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon resmi didirikan pada tahun 2001. Prodi ini menjadi program studi ketiga yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) IAIN Ambon. Sejak awal pendiriannya, prodi ini dirancang untuk mendukung visi fakultas dalam mencetak tenaga pendidik yang profesional, religius, dan mampu berkontribusi dalam pembangunan pendidikan, khususnya di bidang matematika.
Latar belakang pendirian prodi ini tidak bisa dilepaskan dari situasi sosial yang berkembang pasca konflik kemanusiaan yang terjadi di Ambon pada tahun 1999. Konflik tersebut mengakibatkan segregasi sosial dan pemisahan pemukiman antara kelompok masyarakat Muslim dan Kristen. Akibatnya, akses terhadap pendidikan tinggi menjadi terbatas, dan muncul kebutuhan mendesak untuk menghadirkan institusi pendidikan yang aman dan dapat diakses oleh masyarakat Muslim yang terdampak.
Dalam konteks tersebut, IAIN Ambon memegang peranan strategis sebagai lembaga pendidikan tinggi berbasis Islam yang memberikan ruang aman bagi mahasiswa Muslim untuk melanjutkan studi, termasuk dalam bidang pendidikan matematika. Program Studi Pendidikan Matematika menjadi respons nyata terhadap kebutuhan tersebut, dengan harapan dapat menyediakan tenaga pendidik yang tidak hanya kompeten secara akademik, tetapi juga memiliki sensitivitas sosial dan komitmen terhadap perdamaian dan keberagaman.
Seiring berjalannya waktu, Program Studi Pendidikan Matematika terus berkembang, baik dari sisi kurikulum, tenaga pengajar, maupun jumlah mahasiswa. Prodi ini telah melahirkan banyak lulusan yang berkiprah sebagai guru matematika di berbagai daerah di Maluku dan sekitarnya. Dengan semangat integrasi antara ilmu keislaman dan keilmuan modern, prodi ini berkomitmen untuk menjadi pusat unggulan dalam pendidikan matematika yang berkontribusi pada peningkatan kualitas pendidikan nasional serta pembangunan karakter bangsa.